Портит. Но не совсем. Восстанавливал (примерно) так:

1. В нормальной системе, не 10-ке, (можно в сборке на ядре 8), вставлял флешку

2. Заходил в "Администрирование" (Administrative Tools) и создавал раздел.

Потом форматиировал. Всё

PS1. Подозреваю, что можно и в 10-ке

PS2. Странно, что это так долго никто не замечл. Даже думал, что только у меня такое 

Да, есть такое. Для всех кто страдает, Acronis Disk Director 12.0 или MiniTool Partition Wizard отлично лечит такие флэшки, может и другой софт, проверял только этими, четыре флэшки точно вылечил.

win+R

cmd

diskpart

list disk

select disk X       (X - usb drive)

clean

create partition primary

select partition 1

format fs=NTFS quick     ( или FAT32)

У меня такой вариант не проходил. Вот и решил написать, человек скачал раннюю сборку, и такая проблема.

В Пн. точно проверю, по шагам, с давно забытыми кривыми стуцденческими флэшками.

Смежный

Проверьте пожалуйста кто может х64 образ образ в UEFI с включенным Secure Boot

...HPUSBDisk.exe   портит  флэшки...  ? 

1. Не   заметил  (примерно  на  20   разных  носителях)

2.  Среди   флэшек  процент  брака  такой   же,  как  и  с   "остальным"  хардом - 5 %  (каждое   20-е  устройство) 

я то думал это у меня одного такое было..

Восстанавливал с помощью hdd low level format tool. Просто запускал разметку и после начала процесса сразу выключал. Проверено на 3 разных флэшках.